Pulau Samosir terletak di tengah danau Toba, danau terbesar di pulau Sumatra Utara, Indonesia. Pulau Samosir sangat luas, bisa jadi inilah pulau di dalam pulau terbesar di dunia. Luasnya 630 km2 hanya sedikit lebih kecil dari Luas DKI Jakarta (650 km2) atau luas Singapura 714 km2.
Julukan lain untuk Samosir adalah pulau danau di atas danau. Ini karena di dalam puau Samosir sendiri ada dua danau indah yakni Danau Sidihoni dan Danau Aek Natonang , keduanya menjadi tujuan wisata.
Cerita terciptanya Pulau Samosir sendiri merupakan suatu yang luar biasa. Menurut catatan wikipedia.org, danau Toba terjadi karena letusan gunung api dahsyat sekitar 73-75.000 tahun lalu. Diperkirakan, bahan-bahan vulkanik yang dimuntahkan gunung itu sebanyak 2.800 km³, dengan 800 km³ batuan ignimbrit dan 2.000 km³ abu vulkanik yang diperkirakan tertiup angin ke barat selama 2 minggu.
Debu vulkanik yang ditiup angin telah menyebar ke separuh bumi, dari Cina sampai ke Afrika Selatan. Letusannya terjadi selama 1 minggu dan lontaran debunya mencapai 10 km di atas permukaan laut. Kejadian ini menyebabkan kematian massal dan pada beberapa spesies juga diikuti kepunahan.
Menurut beberapa bukti DNA, letusan ini juga menyusutkan jumlah manusia sampai sekitar 60% dari jumlah populasi manusia bumi saat itu, yaitu sekitar 60 juta manusia. Letusan itu juga ikut menyebabkan terjadinya zaman es, walaupun para ahli masih memperdebatkannya.
Setelah letusan tersebut, terbentuk kaldera yang kemudian terisi oleh air dan menjadi yang sekarang dikenal sebagai Danau Toba. Tekanan ke atas oleh magma yang belum keluar itulah yang menyebabkan munculnya Pulau Samosir. Selain pulau samosir, letusan gunung api juga menyebabkan munculnya semenanjung di daratan pulau sumatera yang kini menjadi kota kecil Prapat.